Нео не оставляет попыток осуществить пророчество и уничтожить Матрицу, а армия бездушных машин, в свою очередь, продолжает попытки уничтожить подземный город Зион, где скрываются остатки свободного человечества. После очередной жестокой схватки в реальном мире с беспощадным механическим противником тело Избранного оказывается в коме, но его сознание продолжает свой путь по созданной программой иллюзии. В ней ему удается отыскать Пифию – легендарную пророчицу, которой открыт доступ к самым сокровенным знаниям. Она предрекает решающую битву между людьми и роботами, победить в которой под силу только Нео. Но времени на подготовку нет. Зион уже из последних сил сдерживает натиск механического врага и вот-вот падет, что означает конец всему свободному человечеству. Бесстрашному герою необходимо срочно спасать свой погибающий народ. Полный решимости наконец-то выполнить свое предназначение и завершить революцию великой победой он отправляется на важнейший бой с воплощением программного совершенства – агентом Смитом. Человеческая воля против искусственного интеллекта. Человек против машины. Для одного из них эта схватка должна стать последней.